С релизом «Эль-Капитана» в прошлое ушла целая эпоха — эпоха универсального противоядия от всех проблем под названием «Repair disk permissions». Увы, но в «капитанской» версии встроенной Disk Utility знаменитая функция восстановления прав доступа отсутствует по определению.
Впрочем, для поклонников шаманской процедуры «лечения пермишенов» в системе 10.11 предусмотрена лазейка — утерянную функциональность можно затребовать из командной строки. Обманчиво недоступную проверку прав доступа…
sudo /usr/libexec/repair_packages --verify --standard-pkgs /
… вкупе с их последующим восстановлением:
sudo /usr/libexec/repair_packages --repair --standard-pkgs --volume /